Η παρακμή του Ζαγορίου άρχισε μετά το 1868 με την άρση της αυτονομίας.
Η έλλειψη πόρων ήταν και η βασική αιτία της μετανάστευσης.
Στην αρχή μετανάστευαν μόνο οι άνδρες και οι γυναίκες είχαν όλη την φροντίδα του νοικοκυριού.
Γράφει ο Λαμπρίδης:"Την προαγωγήν αυτού γενικώς ο Ζαγορίσιος οφείλει εις την βοήθειαν της συζύγου του. Όταν δε αύτη παύσηται να ενεργεί και ούτος καταπίπτει και καταστρέφεται, το δε Ζαγόριον ερημούται... Η παρακμή δε πολλών χωρίων άρχεται από το 1855 εκ της παραιτήσεως των γυναικών από των συνήθων αυτών εργασιών και εκ της εισδυσάσης πολυτελείας και ασωτείας..."
Άλλος λόγος ήταν και οι ληστρικές επιδρομές, οι οποίες πολλαπλασιάστηκαν με την εγκατάσταση Τουρκικών Αρχών στο Τσεπέλοβο. Εξ αιτίας των ληστρικών επιδρομών πλούσιοι μετανάστες που είχαν επενεγκατασταθεί στα χωριά τους αναγκάζονταν να τα εγκαταλείπουν και να εγκαθίστανται στα Γιάννινα και σε άλλες πόλεις της Ελλάδος η το εξωτερικό.
Το Κουκούλι δεν μπορούσε να αποτελέσει εξαίρεση σ αυτή την παρακμή. Η φυγή των Κουκουλιωτών από το χωριό τους είναι τρομακτική. Η προκοπή τους στην ξενιτιά και η εκεί εγκατάστασή τους παρείχε όλα τα εχέγγυα για μία καλύτερη ζωή.
Πολλοί απ αυτούς δεν ξαναγύρισαν ποτέ πια...