Το Κουκούλι συγκροτήθηκε ως οικισμός από την προσχώρηση σ αυτό οικογενειών των γειτονικών χωριών Τσέρνιτσα, Πετούρνα και Σελιό, τα οποία διαλύθηκαν για πολλούς και διάφορους λόγους, υγείας, ασφάλειας κα.

Τσέρνιτσα
«Εκεί που ηταν αυτό το χωριό πιό πέρα από την Μπάγια (σήμερα Κήπους) περί τα 15 λεπτά περίπου, σώζονται μερικά λείψανα από το χωριό αυτό.
Η τοποθεσία αυτή λέγεται σήμερα “χαλάσματα” η “παλιόσπιτα”.
Πότε χάλασε με ακρίβεια και γιατί χάλασε το χωριό αυτό και σκόρπισαν οι κάτοικοί του και μερικές οικογένειες απ αυτό πήγαν στο Κουκούλι, καθώς και στην Μπάγια, κανένας δεν το ξέρει. Πάντως θα χάλασε αυτό υστερα από το 1430.
Κάποια παράδοση που σώζεται μέχρι σήμερα μας πληροφορεί για το ζήτημα αυτό πως οι κάτοικοι της Τσέρνιτσας εφυγαν από το χωριό τους γιατί σ εκείνο το μέρος έβγαιναν πολύ μεγάλα φίδια και έπνιγαν τα μικρά παιδιά στην κούνια τους.
Το πιό σωστό όμως είναι πως κατά κύριο λόγο έφυγαν γιά λόγους υγείας, γιατί το μέρος είναι πολύ ανήλιο και υγρό.
Ισως όμως και άλλοι λόγοι να έχουν συντελέσει στον χαλασμό τους.
Κατά τον Λαμπρίδη η λέξη Τσέρνιτσα σημαίνει “Μαύρη Γή”.
Κ. Λαζαρίδης «Το χωριό μου το Κουκούλι»,(1973), σελ 36.
Σελιό
Χωριό ανάμεσα στο Κουκούλι και στο Καπέσοβο που διαλύθηκε, άγνωστο πότε, υπέρ των χωριών Κουκούλι και Καπέσοβο.Το εκκλησάκι αυτό το διεκδικούσαν το Κουκούλι και το Καπέσοβο, αν και βρίσκεται σε έδαφος του Καπεσόβου.Υπήρχε μια πηγή απ όπου από το 1965 υδροδοτείτο το Κουκούλι. Υπάρχει ένα μικρό εκκλησάκι προς τιμήν των γενεθλίων της Θεοτόκου, το οποίο επισκεύασε ο Κουκουλιώτης ευεργέτης Ανδρέας Πλακίδας.
Πετούρνα
Δασωμένη περιοχή απέναντι από το σημερινό χωριό που ανήκει στην Κοινότητα Κουκουλίου.
Κατά τον Ι. Λαμπρίδη “Πετούρνα” σημαίνει “τόπος κατακαείς”.
Ήταν χωριό που διαλύθηκε πριν από πολλά χρόνια και συνέτεινε στην αύξηση άλλων χωριών του Ζαγορίου, ήτοι του Δίκορφου, Δίλοφου, Καπεσόβου, Κήπων και Κουκουλίου.
Γιά τα μετέπειτα της διάλυσης του χωριού χρόνια η παριοχή της Πετούρνας αποτελούσε σημείο διαμάχης μεταξύ των χωριών Δίλοφου, Κήπων και Κουκουλίου γιά την διεκδήκησή της.